ЖОО-лардың автономиясын кеңейту − мемлекеттің білім беру жүйесінің дамуындағы маңызды кезең. Жоғары оқу орындарының өзін-өзі реттеу және нығайту кейінгі дамудың орынды қадамы болды. Шет елдердің ұқсас ғылыми және білім беру мекемелерінің тәжірибесі мен тұрпатына сүйене отырып, елдің жетекші университеттерін автономды жоғары оқу орындарына айналдыру бойынша мақсатты шаралар дәйекті түрде жүзеге асырылуда.

Жоғары білім беру жүйесінде кадрларды даярлау үшін үш деңгейлі моделі енгізілді - бакалавриат, магистратура, докторантура PhD бағдарламалары. Білім беру процесінің үздіксіздігі, оның деңгейлерінің сабақтастығын қамтамасыз ету − Қазақстанның мемлекеттік білім беру саясатының басты қағидаларының бірі. Бірінші цикл бағдарламасы сәтті аяқталғаннан кейін екінші цикл бағдарламаларына, ал екінші циклдің соңында үшінші цикл бағдарламасына қол жеткізуге болады. Қазақстан Еуропалық жоғары білім беру аймағының толық мүшесі ретінде Болон процесінің параметрлерін жоғары білім жүйесіне белсенді түрде енгізуде. Модернизация білім беру бағдарламаларындағы құзыреттілік моделін қолдану, студенттердің академиялық ұтқырлығын белсенді дамыту, ақпараттық технологиялар рөлін арттыру, көптілділікті енгізу және әлемдік білім беру үрдістеріне сәйкес оқу-әдістемелік қорын жетілдіру арқылы жүзеге асырылады.